A construção do Museu Municipal de Santa Cruz das Flores surge da necessidade do concelho ter um equipamento cultural permanente, ao serviço dos locais e dos visitantes.
O novo museu alberga diferentes espaços expositivos e de serviços, integrando auditório, salas de exposições temporárias e permanentes, biblioteca, área de ateliê, arquivo, zona técnica, entre outros, com o intuito de servir a sociedade e contribuir para o seu bem-estar e desenvolvimento.
Com a construção do Museu Municipal de Santa Cruz pretende-se criar um espaço de referência na comunidade da Ilha das Flores, prestando serviços qualificados nas áreas da cultura, educação e cidadania, que reflita sobre a história, memória e identidade da ilha e que habilite crianças, jovens e adultos através de novas formas de expressão - estética, corporal, musical e intelectual - para novos caminhos de inserção e participação social.